L'emplacement de la ville a été choisi pour la profondeur suffisante du benthos permettant l'approche des navires de fort tirant d'eau et pour les possibilités offertes par le relief facilitant la construction d'une ligne de chemin de fer entre la côte du Golfe d'Aden et Addis-Abeba en Ethiopie (2348 m de dénivellation pour une distance parcourue de 726 km).

La ville de Djibouti (fig. A) est construite à partir de quelques îlots de récifs madréporiques émergés situés dans l'embouchure de l'oued Ambouli laquelle était occupée par une mangrove. Des récifs madréporiques identiques forment les îles de Moucha et Maskali, au large de la ville à l'entrée du Golfe de Tadjourah.
Les parties les plus anciennes de la ville (Centre ville et Présidence, Plateau du Serpent et Hôpital Pelletier, quartier du Marabout) sont construites sur ces récifs. Entre les récifs, des remblais ont permis l'expansion autour du port (Quartiers du Marabout et Héron). Le reste de la ville ("les Quartiers") est construit sur les alluvions anciennes de l'Oued Ambouli. Le quartier de Balbala et les nouveaux quartiers qui se construisent le long de la RN1 sont situés pour leur part sur les coulées les plus récentes des Basaltes initiaux de l'ouverture du Golfe de Tadjourah.

Dans le contexte géotectonique de la ville de Djibouti, les risques sismiques sont relativement importants et les différents substrats ne présentent pas le même comportement face aux séismes. Les alluvions et les remblais amplifient les vibrations provoquées par les séismes: les alluvions peuvent subir des phénomènes de solifluxion en cas de fortes vibrations alors que les remblais trop récents et immergés peuvent être sujets à des tassements.

Vue aérienne de l'estuaire de l'oued Ambouli (photographie B).
- vers l'Ouest, Doralé
- vers le Sud-Ouest, Balbala,
- vers l'Est, au bas de la photographie, la "route de Venise" qui relie le port au rond-point d'Ambouli.